57-річний фахівець має багатий тренерський досвід. За свою кар’єру попрацював із багатьма українськими та закордонними клубами, серед яких «Олександрія», «Львів», «Оболонь», запорізький «Металург», словацький «Татран», «Інгулець», литовський «Тракай», «Чорноморець» та інші.
З молодіжною збірною України Сергій Ковалець двічі вигравав Кубок співдружності, з литовським «Тракаєм» у 2016 році став віце-чемпіоном країни.
Останнім клубом наставника було хмельницьке «Поділля», яке він залишив у листопаді 2025 року.
